気温
熊本市の夏の最高気温が30℃を超えるのは、7月上旬から9月中旬まで。この期間は猛暑日が続き、熱帯夜も多い。天草地方も大きく傾向は変わらないが、海風の心地よさがある点が異なる。阿蘇地方は日中でも25℃前後と過ごしやすく、最低気温は20℃を下回ることもある。冬の気候では、熊本市は1月がもっとも寒く、最高気温で10℃前後、最低気温は1℃ほどだが、しばしば氷点下になることもある。天草地方は熊本市より1～2℃高い。阿蘇地方の最高気温は2～3℃、最低は氷点下3～5℃と寒さが厳しい。
年間平均気温
「熊本」、天草の「本渡（ほんど）」、「阿蘇」の三つの地域と、札幌・東京・那覇の年間平均気温を比較。熊本市の1月～3月の平均気温は東京よりも約1.5℃高く、札幌とは10℃もの差がある。同期間の那覇の平均は17℃なので、熊本のほうが約9℃低い。阿蘇の平均気温が氷点下になる1月と2月を札幌と比較すると、差は2～3℃に留まり、阿蘇の冬の寒さがわかる。夏は熊本で東京より約2℃高く、本渡も東京より1℃ほど高いが、阿蘇は5～6℃低い。阿蘇と那覇の差は8℃もある。
熊本県主要都市と各地の年間平均気温
降水量
球磨地方や阿蘇地方で降水量が多く、特に阿蘇山付近では年間で3200ミリに達している。この豊富な雨が県内各地に水源地をもたらし、田畑や人々を潤している。熊本県の年間降水量は1986ミリで、全国で9位（1位は高知県の2548ミリ。全国平均は1611ミリ）。雨は梅雨期に多く、この時期には東シナ海から入ってくる高温多湿の南西気流によって、大雨や集中豪雨が発生しやすくなる。
熊本県主要都市と各地の年間降水量
熊本県の三つの地域でもっとも降水量が多い阿蘇は、梅雨期の2カ月間で約1300ミリの雨が降り、この数値は年間降水量の40％にあたる。3地域の梅雨期の平均降水量は470ミリで、東京の3倍、那覇の2.4倍、梅雨がない札幌の7.3倍。3地域とも全国平均の年間降水量（1611ミリ）より多いが、冬と夏から秋にかけては比較的晴れの日が続く。熊本市ではときどき雪が降るが、積もることはほとんどない。しかし阿蘇山では、12月から3月にかけて20～40センチの積雪がある。