一説によると、桓武天皇788年の外冦に際して、壱岐に本宮八幡神社、箱崎八幡神社、白沙八幡神社、印鑰神社、聖母宮の5社を勧請。本宮八幡神社では、大分県の宇佐神宮から勧請したのが起源とされ、中殿には底筒男命・中筒男命・表筒男命の住吉大神が、西殿には八幡大神が、東殿には神功皇后の名で知られる聖母大神が祭られています。
以前は、兵主神社や久栄八幡の名前でも呼ばれていましたが、本宮村の村社になるなど、次第に本宮八幡神社の名が定着しました。三韓征伐の際に応神天皇を身ごもっていた神功皇后が出産を遅らせるために使用したとされる「鎮懐石」、日清戦争や日露戦争の勝利を祈願した石灯篭なども必見。江戸時代初期の猿田彦の神楽面や八咫烏神楽面、曽我兄弟を描いた武者絵馬などでも有名です。
また、海上安全や交通安全、大漁などに御利益があるとされており、古くから捕鯨をはじめとする漁業で栄えてきた勝本を象徴するように、鯨組関係者からの奉納品も数多く見られます。