豊玉毘古命や玉依姫命など海の神様を祭る箱崎八幡神社は、航海安全や大漁祈願などに御利益があるとされ、古くから壱岐で、海の男たちの守り神として親しまれている神社。
社伝によると、桓武天皇788年の外冦の際、壱岐に箱崎八幡神社、本宮八幡神社、白沙八幡神社、印鑰神社、聖母宮の5社勧請したうちのひとつです。
元々は、式内月読神社として創建され、かつては、「海裏神社」や「海裏八幡宮」、「八幡大神海宮」、「磯山権現」の名でも呼ばれていましたが、その後、福岡県の箱崎に鎮座する筥崎宮を勧請したことがきっかけとなり、現在の名前が付けられました。
1876年には村社に、1916年には神饌幣帛料供進神社に指定。境内には、捕鯨発祥の地である紀州熊野浦の日高弥吉が奉納した「明応二年（1493）」の銘が刻まれた一基の金灯籠も。壱岐での捕鯨業の始まりをうかがい知れる大切な資料として重宝がられています。また、壱岐で最も古い狛犬が本殿の後ろに安置されています。