車で(レンタカーで)
佐世保駅から一般道・国道35号で約13分。 長崎駅から高速道路を使えば約1時間30分。 また、博多駅からは高速道路を使えば約1時間40分。福岡都市高速、九州自動車道、長崎自動車道、西九州自動車道を進み、佐世保中央ICでおりて、県道11号を進み、SSKバイパスへ。
バスで
佐世保駅前からパールシーリゾート・九十九島水族館行き路線バスで約25分(概ね30~40分おきに運行)。また有料シャトルバス(快速)も運行しており、こちらは約18分。運賃は大人 260円、子ども130円(小学生以下)。