交通の拠点として栄えた、門司港レトロのシンボルの一つ
開業当時の明治24年（1891）には、駅名が「門司港駅」ではなく「門司駅」だった。桟橋通りバス停横付近にあり、鹿児島本線の起点・終点としてにぎわっていた。しかし、門司港地区の発展に伴い、大正3年（1914）に約200メートル西方の現在地へ移転、二代目の駅舎で再出発することに。昭和17年（1942）に関門トンネルが開通したことをきっかけに、門司駅から門司港駅へと改称された。
木造2階建ての駅舎は、ドイツ人技師の監修のもとで建てられており、青銅製の手水鉢や当時では珍しかった水洗トイレ、大理石が用いられたトイレと御影石の小便器などが見どころとなっている。また、駅舎としては初めて国の重要文化財に指定されている。