近代

トーマス・ブレーク・グラバーは、長崎開港から1年が経った安政6年（1859）に、21歳の若さで来日した商人だった。グラバーは長崎で、坂本龍馬や薩長に協力し戦艦や武器、弾薬などを売るグラバー商会を設立。慶応年間（1865～1868）には、長崎における外国商館の最大手にまで成長した。また、グラバーは伊藤博文らの英国への密留学を支援したり、森有礼（もりありのり）らの秘密裏の訪欧にも協力したりした。さらに日本初の洋式ドックの建設や、最新の採炭機械の導入と本格的な石炭採掘の開始などで、日本の近代化に大きな役割を果たした。晩年は東京で暮らし、明治44年（1911）に他界（享年73）。

各海軍区の警備、防備、所管の出征準備などを役割とした海軍の機関である「鎮守府」を、軍港とともに全国4カ所に開庁することが決定。まずは明治17年（1884）に横須賀（神奈川）に設けられ、明治22年（1889）に呉（広島）に、明治24年（1891）には舞鶴（京都）に設置された。佐世保には、かつての水軍である松浦党ゆかりの地であることや、天然の良港であることが評価され、呉と同年に置かれた。初代鎮守府司令長官には、オランダ語や砲術などに長けた海軍中将・赤松則良が選任された。

明治38年（1905）、日本海海戦を終えた戦艦「三笠」が佐世保軍港に帰還した。その後、呉軍港で1カ月余りの修理を終え、佐世保軍港に戻った同年9月11日未明に、突然後部弾薬庫が爆発炎上し、船体に開いた穴からの激しい浸水により沈没。この事故で、死亡2人、不明230人、重傷4人、軽傷3人、怪我の程度不明199人となり、さらに港要員などを合わせると死傷者は599人となった。爆発の原因は火薬の変質という説があるが、定かではない。翌年に三笠は引き揚げられ、佐世保工廠（こうしょう）で修理され、明治41年（1908）に現役に復帰した。

「長崎電気軌道」は、長崎市街地走る路面電車。大正4年（1915）、病院下から築町間の3.7キロで営業を開始し、その後、路線は短期間で延伸された。現在の路線が、おおかた完成したのは大正10年（1921）。昭和43年（1968）には、思案橋から正覚寺下までの0.3キロが延長され、現在は4路線が運行している。車両は昭和20年代製造の201形や300形、同30年代の360形や370形など、レトロなものから平成生まれのモダン電車まで幅広い。昭和39年（1964）には日本初の車体広告を導入。運賃は1回乗車140円と他の都市と比べても低価格。