「本殿」は貴重な建築物として国宝に指定されている
本殿は向かって左から、「一之御殿」（祭神は八幡大神）、「二之御殿」（祭神は比売大神）、「三之御殿」（祭神は神功皇后）の3棟が横に並ぶ。創紀は、一之御殿が神亀2年（725）、二之御殿は天平5年（733）、三之御殿が弘仁14年（823）。現在の本殿は、安政2年～文久元年（1855～1861）にかけて造営されたときのままで、昭和38年から39年に大修復が行われた。三殿とも檜皮葺きに白壁朱漆柱の華麗な建物で、規模はほぼ同じ。本殿を横から見ると屋根がエム字に見える「八幡造り」という古い神社形式を今に伝える貴重な建築物として、国宝に指定されている。
宇佐神宮では平成27年（2015）10月に、10年に一度の「勅使祭」（天皇の使者が派遣されて行われる神社の祭祀）が行われた。また、檜皮（ひわだ）ぶきの耐久年数は40年ほどのため、檜皮のふき替えと本殿を修復する工事が平成24年（2012）9月～平成27年（2015）3月までの2年半で行われた。メンテナンスにより美しく修復され、お目見えしている。