滑走路北側にあるターミナルは、吹き抜けの2階建て。1階に出発ロビー、チケットロビー、到着ロビー、搭乗待合室など主要施設が集まる。2015年4月よりx線検査装置が導入され、機内持込手荷物はx線装置による保安検査となった。飛行機へは地上から搭乗する。2階に送迎デッキ、見学・送迎ホールがある。
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フロアマップは奥尻町公式サイトのターミナル案内を参照
売店
館内に飲食施設はなく、2階の売店「奥尻観光」は現在営業休止中。館内の案内は、2階の空港事務所へ。
＜営業時間＞
ターミナル：8時30分～17時
土産品店：営業休止中（※2016年10月31日時点）
コインロッカー
場所：1階の出発ロビー
利用時間：8時30分～17時
料金：小型100円（12個）※時間制限はない