ターミナルビルは地上3階建て。1階にチケットカウンターと到着ロビー、観光案内所、2階に出発ロビーと搭乗口、3階に屋上送迎デッキがある。
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フロアマップは女満別空港の公式サイトを参照
飲食店とショップ
ターミナル2階に飲食店舗が2店舗と、物販店舗（お土産品）が6店舗入る。「レストランピリカ」のおすすめは、北海道カレー、豚丼など。「Sushi Cafe RETAR」のおすすめは、オホーツク海の魚介を使った寿司や、知床牛のステーキなど。両店とも地元の新鮮な食材を使った北海道グルメが味わえる。ショップの売れ筋は、地元銘菓の「生どら焼き（すがの商店）」や「赤いサイロ（清月）」など。
＜営業時間＞
ターミナル：7時45分～20時45分
土産品店：8時～20時
レストラン：8時30分～20時（ラストオーダーは、ピリカ19時40分／RETAR 19時50分）