那覇空港は沖縄の玄関口。JAL、ANA、スカイマーク、各社LCCの路線が運航しています。那覇空港から那覇市中心部の県庁前まではモノレールで約15分、バスでも約20分。泊港は那覇中心部から車で10分くらいです。
新石垣空港（南ぬ島石垣空港）は2013年にオープン。那覇空港のほか、首都圏や中部、関西との国内線や国際線を運航しています。市街地までは車で約30分です。石垣港離島ターミナルは各離島と高速船などで結ぶ、八重山諸島の玄関口となっています。
宮古空港は宮古島市の中心部から車で約15分の位置にあり、東京・大阪・中部国際・那覇・石垣・多良間を結ぶ路線を運航しています。下地島空港から宮古島市街地までは車で約25分。中心部から徒歩圏内にある平良港からは離島や那覇と結び、北部の島尻港からは大神島への定期便があります。
沖縄本島の西へ約100kmの位置にある久米島。久米島空港と兼城港から羽田・那覇への路線があります。（羽田は季節運航となります）船便では、兼城港から渡名喜島への路線もあります。