1階に到着口とチェックインカウンター、2階に出発口、3階に展望デッキがある。飛行機を利用する場合は、１階の航空会社のカウンターで搭乗手続きを済ませ、２階の搭乗口を通り、機内へ。手荷物がある場合は、搭乗手続き後に手荷物カウンターで荷物を預ける。 → フロアマップは 根室中標津空港の公式サイトを参照
飲食施設とショップ ターミナルの2階にショップ2店がある。土産は「中標津バタークッキー」や「ラ・レトリ 飲むヨーグルト」などが定番。ターミナル内のレストランについては、2016年10月現在、営業を休止中。